CyDye DIGE fluors 可作为最低限度和饱和标记染料使用。微量染料在通用的 2-D 应用中可满足常见样本量实验。稀缺样本标记试剂盒中的饱和染料设计用于仅可获得少量样本的应用，例如激光捕获显微切割实验获得的样本。共有三种微量荧光染料和两种饱和染料可用。

CyDye DIGE Fluor 是用于多色分析的卓越染料，可发出具有窄激发和发射谱带的明亮且强烈的荧光。该荧光在光谱方面的出色表现，因此非常适用于多色检测。CyDye DIGE Fluor 利用了此类优点，并且在尺寸和电荷方面与使用 Ettan DIGE 系统的 2-D DIGE 匹配。

CyDye DIGE Fluor 微量荧光染料

用一种 CyDye DIGE Fluor 微量荧光染料分别标记蛋白样本和内参上。然后将此类标记样本合并，在一维等电聚焦凝胶上运行，并在二维通过 SDS-PAGE 分离。可用 Ettan IPGphor 3 或 Multiphor II 对电泳实验进行简化，一维为 Immobiline DryStrip 凝胶，二维为 Ettan DALTtwelve 或 Ettan DALTsix 电泳系统。

可用 CyDye DIGE Fluor 微量荧光染料标记不同样本在同一凝胶上，并且可在完全相同的一维和二维运行条件。因此，用任何 CyDye DIGE Fluor 微量荧光染料标记并在同一凝胶上分离的相同蛋白并且可以在 2D 凝胶上面位置相同，不会有标记与未标记的差异性。这限制了实验变量并确保了凝胶内匹配的准确性。